Здравствената програма е една од примарните програми која постои и функционира од самото основање на Организацијата. Преку оваа програма ОЖОСВН се стреми да придонесе кон подобра здравствена заштита на населението во Македонија воопшто, со приоритет на жените и младите, а особено жените заболени и лекувани од малигни заболувања. Во рамки на Здравствената програма, од 2002 година е воспоставена и во континиутет функционира Група за самопомош на жени заболени и лекувани од малигни заболувања. Исто така, преку оваа програма се обезбедува и дополнителна помош и поддршка за жените заболени и лекувани од малигни заболувања, како што се психолошки и докторски совети, бесплатни перики и турбани и друго.
Како најголеми приоритети во оваа програма се заштитата, превенцијата и унапредувањето на здравјето примарно кај жените и девојките, но и кај општата популација, како и посветена грижа за себе и сопственото ментално и физичко здравје.